مأموریت ده ساله‌ی مؤسسه منبعث از رسالت آن و در تعامل با شرایط کشور به شرح زیر تبیین می‌شود:
۱/۱ـ فراهم سازی مقتضیات رشد و تعالی و توانمندسازی جامعه در مقابل ناهنجاری‌ها و آسیب‌های اجتماعی از طریق فعالیت‌های علمی زیر:
- انجام پژوهش‌ها و مطالعات کاربردی در زمینه‌ی آسیب‌شناسی گروه‌های اجتماعی
- جمع بندی نتایج پژوهش‌ها و ارائه‌ی مشورتها و راهکارها به نهادهای دولتی و غیردولتی به منظور پیشگیری، مدیریت ، کنترل و چاره جوئی آسیب‌ها
- اطلاع‌رسانی به منظور ارتقای سطح آگاهی‌های عمومی و تقویت بینش، دانش، اصلاح نگرش‌ها و توسعه‌ی فرهنگ مددکاری و اخلاق اجتماعی
- آموزش مسایل اجتماعی به منظور اصلاح رفتار مدیران، ارتقای سطح مهارت‌ها و توامندی‌های فردی و اجتماعی مردم برای پیشگیری، کاهش آسیب‌دیدگی و حمایت از آسیب‌دیدگان
- ساماندهی ظرفیت‌های موجود و تکمیل حلقه‌های مفقوده مدنی و بهبود ساختار سازمان‌های مردم نهاد در جهت ایجاد و تقویت شبکه‌ای هدفمند و کارآمد
- بازتولید، احصاء، تغییر معانی و ارائه‌ی تعاریف جدید از موقعیت‌های مختلف آسیب‌زا و تهدید‌زا در جامعه‌ی ایران با توجه به تغییرات و تحولات شرایط داخلی، منطقه‌ای و بین‌المللی
- نقد، بررسی و ارزیابی مستمر سیاست‌ها و برنامه‌ها و بهره‌گیری از بازخورد آن برای بهبود و ارتقای فعالیت‌های مؤسسه
۲/۱ـ انجام اقدامات حمایتی و دفاع از حقوق آسیب‌دیدگان اجتماعی از طریق:
- شناسائی راهکارهای قانونی موجود، بهره‌گیری از آن‌ها و ارائه‌ی پیشنهاد برای اصلاح قوانین موجود و قانون‌گذاری در جهت رفع خلاء‌های حقوقی
- تشویق و حمایت از فعالان، محققان و صاحب‌نظران درزمینه‌مسایل و آسیب‌های اجتماعی
- حمایت و کمک به برگزاری دوره‌های آموزشی، انجام فعالیت‌های مطبوعاتی، برگزاری نشست‌ها و جلسات پرسش و پاسخ و دیگر فعالیت‌های ترویجی
- کمک به فعالیت‌های اجتماعی، فرهنگی، هنری و تشکیل اردوهای ورزشی، جشنواره‌های فرهنگی و هنری و برگزاری مسابقات در زمینه‌ی توانمندسازی اجتماعی
- کمک به تدوین و چاپ کتب و انتشار مقالات، جزوات و استفاده از دیگر روش‌های سمعی و بصری برای انتشار دستآوردهای علمی ـ فنی و تجربی مؤسسه
- شناسایی نهادهای مردمی در زمینه‌ی آسیب‌های اجتماعی و برنامه‌ریزی برای ایجاد و تقویت شبکه‌ای هدفمند و کارآمد
۳/۱ـ ساماندهی خدمات و فعالیت‌های مؤسسه حول اولویت گروه‌های اجتماعی به شرح زیر:
- کودکان و نوجوانان
- جوانان
- زنان
- گروه‌های آسیب‌پذیر
- گروه‌های آسیب‌دیده